با توجه به رسالت دفتر تبلیغات اسلامی مبنی بر رشد و ارتقای فرهنگ عمومی جامعه و بهره‌گیری از ظرفیت‌های بالقوه حوزه علمیه قم و عرضه خدمات آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و … به همه اقشار جامعه به خصوص فرهیختگان، تاکنون کتابخانه‌های متعددی در رشته‌های مختلف و براساس نیاز پژوهشگران شکل گرفته است که اکنون با عنوان «اداره کتابخانه‌ها و اسناد» زیر مجموعه معاونت پژوهشی پژوهشگاه فعالیت می‌کند.

این اداره با 13 پرسنل دارای بخش مجموعه‌سازی و سازماندهی، بخش کتابدارها و سالن های مطالعه است. همچنین، چهار کتابخانه اصلی و نیز سه سالن مطالعه تالارهای پیامبر اعظم (سالن مطالعه کتابخانه مرکزی پژوهشگاه)، شیخ طوسی (سالن مطالعه و مخزن کتابخانه تخصصی فرهنگ معارف قرآن)، و شیخ صدوق (سالن مطالعه و مخزن کتابخانه عمومی) زیر پوشش مدیریتی اداره کتابخانه‌ها و اسناد است.

رسالت اداره کتابخانه‌ها و اسناد پژوهشگاه پشتیبانی از اعضای هیات علمی، محققان، کارشناسان پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی و عموم روحانیان و دانشگاهیان در حوزه منابع مکتوب و دیجیتال است.

کتابخانه های زیر پوشش در رشته های دانشی تفسیر و علوم قرآنی، فقه و حقوق، فلسفه و کلام، علوم و اندیشه سیاسی، تاریخ و سیره اهل بیت (ع)، مهدویت و آینده پژوهی، اخلاق و تربیت، مطالعات تمدنی و اجتماعی، احیاء آثار اسلامی، و مدیریت اطلاعات اسلامی منابع معتبر و روزآمدی را جمع‌ آوری نموده است. تعداد منابع موجود در مجموع کتابخانه‌های پژوهشگاه، بیش از 150000 عنوان و بیش از 271000 جلد است. همچنین منابع لاتین آن 6000 عنوان در 7000 جلد است.